熊本県の小学校で、避難してきた住民の健康管理に当たっていた医師は、エコノミークラス症候群の理由について、次のように話していました。
避難所には仮設トイレが設置されているものの、快適とは言えないため、トイレに行かないで済むように水分を控えてしまっていると言うのです。現在では水洗トイレが普及していますが、断水の上、下水道が使えなくなると仮設トイレの出番となります。こうした仮設トイレは、狭くて、段差があり、和式が多く、お年寄りや障がい者、それに女性にとって使いにくいため、課題となってきました。また清潔に使わないと衛生面で問題が発生します。
藤沢市では、およそ千個の仮設トイレを確保しているということです。百人に一個の割合です。その4割ほどが、マンホールの上に設置して、下水道には接続せずに、し尿を貯留するタイプで、大半の避難所で使われる計画です。このタイプの仮設トイレを使う場合、バキュームカーによる汲み取りが必要になります。藤沢市興業公社が担当していますが、バキュームカーは8台しかなく、万が一のとき、処理が追い付かない事態が想定されます。
熊本ではまた、災害ごみの処理も問題となっています。繁華街でも、生活ごみと区別なく積み上がっているごみの山を見かけました。地震によって処理施設が使えなくなった上、人手が足りないためです。藤沢市でも140人体制で収集に当たりますが、必要に応じてほかの自治体への応援を要請する計画です。